В суровые годы Великой Отечественной войны средняя школа № 3 не прекращала учебных занятий. Война поставила работу школы в тяжёлые условия:
было мало учебников, так как новые учебники не издавались. Ощущался острый недостаток бумаги, наглядные пособия издавались силами учителей и учащихся.
Вследствие недостатка топлива школьники часто занимались в одежде, в классах замерзали чернила. Несмотря но это, учащиеся аккуратно посещали учебные занятия, выполняли домашние задания и большинство из них успевало. Хорошо работали пионерские отряды.
В школе были организованы кружки художественной самодеятельности, которые обслуживали , главным образом, госпитали. Заслуженным вниманием пользовался струнный оркестр, которым руководили ученики 7 класса Самокрутов Юрий и Шипулин Юрий.
Учащиеся большую работу проводили в госпиталях: тяжело раненым читали газеты, книги, журналы, писали письма. В школе учащиеся и учителя собирали и посылали на фронт подарки: тёплые вещи, табак, конверты, бумагу.
Это воодушевляло воинов на борьбу с врагом, а учащихся – на лучшую успеваемость. Под руководством учителей школьники за 18-20 километров от города заготовляли и подвозили дрова и торф на тачках, тачанках, в зимнее время – на санках.
В 1942-43 учебном году по заданию горисполкома в Заячьем логу, у подножья Косой горы, силами учителей , учащихся и родителей за 5 дней было заготовлено более 256 кубометров дров, за что школьники получили благодарность Гороно.
Школа оказывала помощь колхозам «Доброволец» и «Смычка» в уборке урожая.
Для поддержания здоровья детей на берегу озера Амбаш был создан пришкольный участок, урожай с которого поступал на горячие завтраки учащимся; горисполком ежедневно выдавал учащимся по 50 грамм хлеба.
В школе была одна уборщица, поэтому дети сами топили печи и мыли полы. Ремонт школы проводился силами учащихся.